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文章目录
  1. 1. 前言
  2. 2. 分块程序环境配置
    1. 2.1. MEPP
    2. 2.2. SPHARM-PDM-master
  3. 3. 图谱程序环境配置

前言

最近干的活有很多涉及环境配置的工作,有很多细节需要注意,稍有疏漏就有可能让你捣鼓一天,因此把这些环境配置的细节和步骤整理下来以便往后查看。
主要分为两个部分,分块程序环境配置和图谱程序环境配置,具体如下:

分块程序环境配置

  • 首先接受介绍一款Linux系统下软件包下载神器:新立得(Synaptic),它是Linux操作系统的包管理工具apt的图形化前端。它可以以图形界面代替apt-get install命令来对软件包进行下载,因此我们在配置环境之前先安装新立得(Synaptic),指令如下:

    sudo apt-get install synaptic
    
  • 分块代码主要需要配置MEPPSPHARM-PDM-master这两部分代码的运行环境,我之前用Ubuntu 16.04版本的系统试验的时候,多次失败,后来改为14.04后一次成功,所以在陪环境的时候不要用高版本的Ubuntu系统。默认已经装好了g++,以及make,如不知道怎么装,移步Linux 下配置ITK

    MEPP

  1. 建一个build文件夹存放make编译后的文件,在ccmake配置过程中,依次需要安装CGAL,用新立得(Synaptic)搜索CGAL,安装libcgal-dev.
  • 安装软件包qt4,用Synaptic搜索qt4,一直往下翻,安装libavahi-qt4-dev这个软件包。
  • 安装QGLViewer,用Synaptic搜索QGLViewer,安装libqglviewer-dev这个软件包。
  • 下载xerces源码包,源码包下载链接http://xerces.apache.org/xerces-c/download.cgi,先将xerces源码包解压到/usr/include文件加下(需要root权限),进入xerces文件家中执行如下语句(#号代表在root权限下):

    # chmod +x configure
    # ./configure --prefix=/usr 
    # make
    # make install
    
  • 之后在ccmake这一块应该就不会有什么关卡了,接下来就是make编译,大概需要等10多分钟,结束之后会出现一个mepp文件,要是能正常执行就说明大功告成了。

    SPHARM-PDM-master

  1. 这个ccmake配置这一块很简单,也要建一个build文件夹存放make编译后的文件,然后安装一个git-svnlibsvn-dev,用Synaptic搜索SVN,安装git-svnlibsvn-dev软件包就可以了。
  2. 之后用make编译,编译过程需要联网,时间会很长,大概要1-2个小时,中途没有报错,顺利完成就没有问题了。

图谱程序环境配置

  • 要运行图谱的程序,需要先安装ITK,这是大前提,具体步骤在这:Linux 下配置ITK
  • 接着需要安装eigen源码包,同上一样,用Synaptic搜索eigen,然后下载安装,文件保存在/usr/inlcude/目录下,进入到eigen文件中,把其中的Eigen文件夹拷贝到上一级目录中,这样才能起效。
  • 下载elastix,同样是在Synaptic中搜索,完事之后会在/usr/bin/文件夹中出现elastixtransfoxmix两个文件,然后拷贝到需要的地方去就行了。
  • 训练和分割是需要下载libblas-devliblapack-dev这两个源码包,方法如上,搜索libblasliblapack
  • 计算精度的代码需要下载libann-dev源码包,用Synaptic搜索libann

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