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  1. 1. SPHARM-PDM
    1. 1.0.1. SegPostProcessCLP参数解释:
    2. 1.0.2. GenParaMeshCLP参数解释:
  2. 1.1. •ParaToSPHARMMeshCLP
    1. 1.1.1. ParaToSPHARMMeshCLP参数解释:
  • 2. MEPP
    1. 2.0.1. 特征:
    2. 2.0.2. 支持格式:
    3. 2.0.3. Export:
    4. 2.0.4. 显示功能:
    5. 2.0.5. MEPP平台允许两种类型的加载:
    6. 2.0.6. 组件 :
    7. 2.0.7. 可用组件:
    8. 2.0.8. 组件“布尔运算”:
    9. 2.0.9. 组件“分割”:
    10. 2.0.10. 组件“曲率”:
  • 3. off文件格式(Object File Format)
  • SPHARM-PDM

    • 形状分析已经成为医学界日益增长的兴趣,因为它有可能精确地定位健康和病理结构之间的形态学变化。 SPHARM-PDM是一种使用参数边界描述计算基于点的模型来计算形状分析的工具。
    • 使用SPHARM-PDM工具计算的基于点的模型可以与UNC设计的统计工具形状分析MANCOVA结合使用,以对特定位置的结构变化进行定量形态学评估。
    • 自2017年7月起,SPHARM-PDM现在可作为3D切片扩展( http://www.slicer.org )和SlicerSALT(salt.slicer.org)的一部分。 通过SlicerSALT传播SPHARM-PDM现在是下载新版本SPHARM-PDM的主要传播方式。
    • 有关问题,请参阅nitrc论坛,网址为:https://www.nitrc.org/projects/spharm-pdm

    ##•SegPostProcessCLP

    • ⇒填充内孔。
    • ⇒执行最小平滑操作 确保球形拓扑。

      SegPostProcessCLP参数解释:

      ./SegPostProcessCLP label.nii brain-segout/label-segout.vtk --space 1.5,1.5,1.5
      
    • SegPostProcessCLP --help 可以查看各种参数的意思。

    • --space x,y and z 的方向(默认:0.75,0.75,0.75)
    • --iter <int>LS平滑的迭代次数,默认50次
    • --Gauss 0/1: if selected, do a Gaussian Filtering
    • --RMS <double>LS平滑的均方根值误差

    ##•GenParaMeshCLP

    • ⇒处理二进制分段是 转换为原始表面网格。
    • 计算球面参数。

      GenParaMeshCLP参数解释:

      ./GenParaMeshCLP brain-segout/label-segout.vtk brain-meshout/label-para.vtk brain-meshout/label-surf.vtk --label 1
      
    • --label 1输入图像中的标签ID

    • --iter <int>选择迭代的次数,默认是500次
    • --outLogName <std::string>:Output Log txtFile
    • --logFile:write a .txt file with a log of events

    •ParaToSPHARMMeshCLP

    • ⇒具有固有的SPHARM描述
    • 然后从中计算出对应关系 网格及其球形参数化。
    • ⇒对应的三角曲面 (SPHARM-PDM)。
    • 二十面体的球面参数化

      ParaToSPHARMMeshCLP参数解释:

      ./ParaToSPHARMMeshCLP brain-meshout/label-para.vtk brain-meshout/label-surf.vtk brain-align/label
      

    MEPP

    • MEPP旨在围绕新的网格处理技术构建一个框架。 面向模块化,它面向开发人员和GUI用户。
    • MEPP是基于CGAL类“多面体”的平台开发环境,用于网格和网格序列的处理和可视化。它允许加载多个网格或网格序列,进行处理和可视化。 它旨在为工程师,研究人员,也为快速入门的学生提供建议。

    特征:

    • C ++,开源(GNU GPL v3),
    • 多平台(Windows,Linux,Mac OS X)
    • 用CMake编译,
    • 安装快捷方便,
    • 安装文件,用户手册,
    • VMware虚拟机与Ubuntu Linux“准备启动”,
    • 从一个应用程序窗口或从浏览器拖放对象。

      支持格式:

    • obj (Wavefront),
    • off (Object File Format),
    • ply (Polygon File Format),
    • smf (3D World Studio),
    • x3d (XML based royalty-free open standard file format),
    • 3ds (3ds Max),
    • dae (Collada),
    • lwo (LightWave).

    Export:

    • 图像捕获,
    • 视频截取。

    显示功能:

    • 管理一个或多个窗口中的多个对象,
    • 使用“显示列表”加速显示。

    MEPP平台允许两种类型的加载:

    • 模式“空间”,其中将几个对象加载到同一场景中,
    • 模式“时间”,其中将几个对象作为网格序列加载。

    然后可以通过VCR 3D + t可视化序列。

    组件 :

    • 实现为具有自动检测和加载的插件,
    • 在编译时选择组件,
    • 从示例中轻松创建新组件。

    可用组件:

    • 基本网格处理:三角剖分,细分,简化,
    • 曲率分析,
    • 布尔运算:联合,交集,减法,
    • 分割(变形形状近似),
    • 逐行压缩/水印,
    • 视觉质量指标,
    • remeshing:规范简化,
    • 数学形态学,
    • 网格修复

    通过创建新的组件来为平台做出贡献的可能性。

    组件“布尔运算”:

    组件“分割”:

    组件“曲率”:

    off文件格式(Object File Format)

    • Object File Format(off)文件通过描述物体表面的多边形来表示一个模型的几何结构。这些多边形可以包含任意数量的顶点。Princeton Shape Benchmark的off文件遵从以下标准:

      1. off文件为ASCII文件,以OFF关键字开头。

      2. 下一行是该模型的顶点数,面数和边数。边数可以忽略,对模型不会有影响(可以为0)。

      3. 顶点以x,y,z坐标列出,每个顶点占一行。

      4. 在顶点列表之后是面列表,每个面占一行。对于每个边,首先指定其包含的顶点数,随后是这个面所包含的各顶点在前面顶点列表中的索引。

    • 下面是一个立方体的例子:

      OFF 
      8 6 0 
      -0.500000 -0.500000 0.500000 
      0.500000 -0.500000 0.500000 
      -0.500000 0.500000 0.500000 
      0.500000 0.500000 0.500000 
      -0.500000 0.500000 -0.500000 
      0.500000 0.500000 -0.500000 
      -0.500000 -0.500000 -0.500000 
      0.500000 -0.500000 -0.500000 
      4 0 1 3 2 
      4 2 3 5 4 
      4 4 5 7 6 
      4 6 7 1 0 
      4 1 7 5 3 
      4 6 0 2 4
      
    • 参考地址:http://shape.cs.princeton.edu/benchmark/documentation/off_format.html


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    1. 1. SPHARM-PDM
      1. 1.0.1. SegPostProcessCLP参数解释:
      2. 1.0.2. GenParaMeshCLP参数解释:
    2. 1.1. •ParaToSPHARMMeshCLP
      1. 1.1.1. ParaToSPHARMMeshCLP参数解释:
  • 2. MEPP
    1. 2.0.1. 特征:
    2. 2.0.2. 支持格式:
    3. 2.0.3. Export:
    4. 2.0.4. 显示功能:
    5. 2.0.5. MEPP平台允许两种类型的加载:
    6. 2.0.6. 组件 :
    7. 2.0.7. 可用组件:
    8. 2.0.8. 组件“布尔运算”:
    9. 2.0.9. 组件“分割”:
    10. 2.0.10. 组件“曲率”:
  • 3. off文件格式(Object File Format)